La Junta Directiva és l'òrgan de govern que s'encarrega de regir, administrar i representar a l'organització, així com garantir que totes les actuacions es desenvolupen de forma coherent amb la missió i principis pels quals es va constituir l'Associació. 

La Junta Directiva d'Associació Hàbitats està formada per:

- President: David Tapias Baqué
- Secretaria: Olga Alcaide Ardanaz
- Tresorera: Sílvia Gili Olmeda
- Vocal: Alfred Bellès Mitjans
- Vocal: Carles Crespo Mera
- Vocal: Pol Guardis Bedmar
- Vocal: Núria Morral Nadal
- Vocal: Eulàlia Serrano Alcaraz

La Junta es reuneix periòdicament i s'estructura, en coordinació amb l'equip tècnic, mitjançant quatre comissions de treball per donar respostes específiques als diferents àmbits d’actuació de l’Entitat:

- Comissió de biodiversitat i medi natural.
- Comissió de voluntariat, participació i territori.
- Comissió de relacions institucionals i empresarials, imatge i comunicació.
- Comissió de gestió econòmica i captació de fons.