Associació Hàbitats neix l'any 1997 fruit de l'interès de diferents col·lectius per tal d'apropar l'entorn natural al conjunt de la població.

El grup impulsor estava format per un grups de biòlegs i va comptar amb la col·laboració d'altres entitats, com el Departament d'Ecologia de la Universitat de Barcelona o el Grup de Defensa del Ter.

Els dos primer anys l'Entitat planifica i dissenya el Projecte Rius. Es desenvolupa la metodologia d'anàlis per realitzar inspeccions de riu i s'elaborà un pla de dinamització del voluntariat per tal d'activar una xarxa de persones disposades a realitzar aquestes anàlisis de forma continuada. Les primeres inspeccions dutes a terme pels grups de voluntaris es realitzaren el 1999.

A mesura que els grups de voluntaris augmenten el seu compromís poder passar a realitzar un projecte d'adopció del seu tram. És tracta de projectes de custòdia del territori que sorgeixen de l'interès de la població local i que tenen un important caràcter participatiu.

Al llarg dels anys, Projecte Rius amplia la seva activitat incorporant altres accions, com per exemple, activitats formatives, trobades anuals de voluntariat, camps de treball, un programa de seguiment de llúdriga, entre d'altres.

L'èxit de l'iniciativa fa que entitats de fora de Catalunya demanin a Associació Hàbitats la metodologia del Projecte Rius per adaptar-la i desenvolupar-la al seus territoris, generant-se la Xarxa Projecte Rius.

L'any 2007 Associació Hàbitats celebra el seu desè aniversari i el Projecte Rius desenvolupa noves activitats anuals, com la jornada de neteja dels espais fluvials anomenada Fem Dissabte! o el concurs de fotografia Esquitxos.

En consolidar el Projecte Rius, Associació Hàbitats posa en marxa el Projecte Boscos de Muntanya, a partir del projecte suís Bergwaldprojekt, que veu la llum l'any 2006 i s'implementa durant 2007 i 2008. Té per objectiu el manteniment, la cura i la protecció del bosc i del paisatge en l'àmbit de muntanya. El projecte es fonamenta en les actuacions de silvicultura i gestió forestal que realitzen un grup de voluntaris i voluntàries que durant una setmana viuen al bosc.

L'any 2006 Associació Hàbitats, juntament amb Universitat de Barcelona i Fundació Emys, capitaneja el Seguiment d'Amfibis de Catalunya, l'objectiu del qual és conèixer l'evolució de la població global d'amfibis a Catalunya a partir de la comparació d'abundàncies al llarg del territori, així com la detecció de les causes del seu declivi, punt clau per a la conservació de la biodiversitat i el patrimoni natural. A la conclussió del projecte el 2009 s'havíen analitzat més de 400 puntos de mostreig.

L'any 2011 Associació Hàbitats impulsa dos nous projectes. Hàbitats Educació agrupa, sota una estratègia pedagògica conjunta, les diferents activitats que l'associació ha vingut desenvolupament al llarg dels anys i amplia la serva oferta educativa destinada a infants, joves i adults.

Hàbitats Empreses unifica les diferents formes de col·laboració que l'entitat manté amb un conjunt d'empreses i entitats privades que impulsen i donen suport a les iniciatives de protecció de l'entorn natural. Aquest projecte dissenya i duu a terme iniciatives de responsabilitat ambiental i fomenta que les entitats privades practiquin una activitat respectuosa amb el medi.

De forma paral·lela, el Projecte Rius continua desenvolupant-se i compta amb un notable reconeixment i acollida social. El projecte es desenvolupa amb la col·laboració d'ajuntaments, centres educatius, entitats locals i ciutadania disposats a treballar per a l'assoliment d'un bon estat ecològic dels entorns fluvials. En l'actualitat diverses entitats de fora de Catalunya implementen aquesta iniciativa d'Associació Hàbitats, adaptant-la al seu context i configurant la Xarxa Projecte Rius.

Al llarg dels anys Assocació Hàbitats també ha realitzat un intens treball de comunicació ambiental, participant en congressos i conferències, col·laborant en publicacions i desenvolupat canals propis de comunicació, com la revista semestral Espiadimonis.

L'any 2012 es compleix el 15è aniversari d'Associació Hàbitats i Projecte Rius. Per celebarar aquest aniversari l'entitat ha programat un seguit d'actes a tota Catalunya sota el títol "Catalunya, terra de rius" per tal d'explorar els aspectes culturalsi socials dels ecosistemes fluvials. Web del 15è aniversari.